予約選択をサブメニューを選んでからメインメニューを選択するようにできますか？

できません。
メインメニューを選んでからサブメニューを選んでいただく仕様となっています。

予約時に行うメインメニュー、サブメニューを選択するステップを省略することはできます。
管理画面『基本設定>店舗設定>予約受付設定』の「予約メニュー設定」から設定してください。